El problema principal que vas a tener va a ser, que el Sistema operativo principal decida:
¿Cual es la ventana que está en primer plano?
Ya que normalmente los elmentos en segundo plano pueden quedar suspendidos
Si cada vez que uno hace click , la ventana de AOE/VMWARe pasa a primer plano, os vais avolver locos

También es complejo el hecho de tener 2 rtones independientes.
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Si consigues que 2 ratones sean independientes, alomejor te interesa ejecutar 2 isntalcias de AOE, pero seguiras teniendo el problema de la ventana que está en primer plano.