Por software con el ordenador apagado? yo no conozco nada. Si esta apagado esta apagado. Otra cosa seria dejarlo hibernando y a lo mejor si hay algun programa que lo "despierte". A ver si la gente sabe de algo porque yo no.
Otra cosa seria, por ejemplo puentear el boton de encendido para que si a la placa le llega energia se encienda el PC y enchufar el cable de alimentacion al tipico reloj programable que venden en cualquier supermercado. Lo programas a la hora que quieras y deberia funcionar.
Un saludo