Intenta una reparación de Windows teniendo a mano el diskete de los drivers SATA.
La reparación de Windows no es la primera que te sale que pone reparar, esa te lleva a la consola de recuperación. Te guío paso a paso mejor. (Yo que tu lo haría con el IDE quitado).
Metes el CD de Windows, arrancas desde él como si fueras a instalar, cuando te salga la opción abajo para instalar dispositivos RAID o SCSI le das a F6, seguirá cargando un momento más, despues se quedará esperando que añadas un dispositivo, metes el diskete, le das a la S, añades el driver o drivers que correspondan (mira el manual de la Placa). Seguirá con la instalación. Te preguntara si quieres hacer una reparación o instalar Windows, tu le das al Intro (instalar Windows). Luego está la aceptar la licencia, F8 y sigues. La siguiente pantalla es donde te dirá que se detecta un Windows instalado, que si quieres instalarlo de 0 o repararlo, es aquí donde le darás a la R y parecerá que inicias una instalación normal, solo que conservando lo que ya tuvieras de Windows. Esto debería arreglartelo, si no te funciona, yo haría instalación de 0 en el SATA y despues iría copiando las cosas necesarias del IDE.
PD: Todas estas cosas suceden por hacer el burro

si hubieras hecho una instalación de 0 en el SATA, dejado el otro disco IDE y pasado poco a poco las cosas, hubieras tenido menos problemas, o una imagen de disco a disco con el Ghost o programa similar.