Pues... te digo como lo tengo yo, que no me pasa eso y a ver si te sirve:
Opciones -> Preferencias -> preferencias generales
Marcadas las casillas de:
Ver Winamp:
[x] barra de tareas
[x] bandeja del sistema
[x] desactivar siempre visible cuando se muestren programas a pantalla completa.
Es que lo más parecido que he conseguido hacer a eso que te pasa es pinchar en el botón ese con forma casi de T, al lado de la X de cerrar. Pero... no se despliega al pasar el ratón por encima :S
) y salu2! 