El fdisk es el comando para gestionar particiones. El parámetro /mbr lo que hace es sustituir el arranque (MBR=Master Boot Record) por el del sistema operativo desde el que se ejecuta.
Si editas el boot.ini sigues teniendo el NTLoader cargado en el MBR, puedes quitarlo directamente con el fdisk /mbr sin tener que editar nada y tener el arranque original del W98.