Prueba a arrancar un Linux desde CD-ROM, un Mandrake Move o un Knopix (bootables), a ver si se te queda colgado igual...
¿Es un ordenador nuevo o viejo? A veces las placas antiguas tienen problemas de arranque y no funcionan bien hasta que están "calentitas".
Pásale un scandisk al disco duro también, por si acaso. ¿Qué versión de Win tienes?
Un saludo.