joder, pues como sea lo que dices, lo llevas jodido, lo que hace el adaptador de la MS en la MD es (creo y pienso) usar el chip de sonido de la Megadrive como procesador principal (te suena Z80?, el famoso procesador de los ordenadores de 8 bits como el Spectrum o Amstrad?) desabilitando el Motorola 68000 que es el chip principal de la MD.
Pudiera ser como tu dices que el 68000 estuviera frito por lo que la MD como tal no funcionaría, pero que el Z80 usado para el sonido rulara.
Si el chip está jodido no hay vuelta de hoja, poco es lo que se puede hacer. Cambiar el chip, pero creo que estaba soldado a la placa segun recuerdo... De todas formas un hecho como este es realmente muy chungo que suceda, aunque he conocido casos de ordenadores cuyo chip se ha quemado por tormentas electricas o subidas de tensión debido a un fallo del transformador... lo raro es que no se quemara tb el Z80.
De todas fromas mira por si acaso los contactos del puerto de cartuchos, quizás se diera el caso de que no hacen buen contacto con los cartuchos pero si con el adaptador de MS (suele ser el fallo más común)
Quita los tornillos y revisa el puerto, mira a ver si alguno de los contactos está más separado de lo normal o si ves que tiene mugre u oxido que impidiera el buen contacto...
