Ese programa no es para desencriptar los passwords, sinó para eliminarlos.
O sea tú tienes que saber los passwords antes de usar el programa. Luego el programa te los pide, tú se los pones y él te crea otro archivo PDF igual que el primero pero sin password.
Sólo sirve para tener una copia del mismo pdf pero sin passwords.
Para desencriptar passwords que no sabes, utiliza por ejemplo el Advanced PDF Password Recovery Pro.
Un saludo.