Ni desfragmentando ni pasando antivirus vas a conseguir arreglar archivos corruptos y como tengas cluster mal, menos.
Como te han dicho, pasa el HDD Regenerator y alguna tools de la web oficial del fabricante de tu disco duro.
Lo ideal es no estar tanto tiempo sin formatear, depende del uso q se le de, pero una vez al año es recomendable (y si le das mucho tute, incluso dos).
Tienes el SMART activado en la BIOS?
Si no es asi, hazlo, te puede salvar de un disgusto (no arregla nada, pero al menos te avisa si el HD esta a punto de "morir", que no es poco).