Pues para quitar una de las dos entradas tienes que ir a :
MI PC > CLIC DERECHO > PROPIEDADES > OPCIONES AVANZADAS > INICIO Y RECUPERACIÓN > CONFIGURACIÓN > EDITAR
aquí te recomiendo que hagas un guardar o guardar como para tener una copia de seguridad por si la lías y te cargas la línea que no es al arrancar luego con el windows que NO quieres....
eliminas la línea que no te interesa la del windows tuneup o algo así supongo que pondrá, si lees con un poco de atención te será fácil distinguirlas guardas y reinicias, no tendrías que tener problemas algunos.
Saludos