Comprueba a ver si:
Te detecta la bios la unidad de CD? Imagino que si no lo hace ni siquiera te dejaría seleccionar que bote del CD, pero mira a ver por si acaso.
Hace intento de leer del CD? Si es así, es que el CD esta rallado/mal grabado y no lo detecta como botable, por lo que salta a botar del hdd.
Si hace intento de leer del CD, prueba con otro. Aunque te parezca que el cd está perfecto. A mi me ha pasado que el lector de sobremesa no le daba la gana de reconocer CDs grabados con el portatil del curro (que tiene una chusta de grabadora, todo sea dicho).
Como has cambiado la placa, tendrás que reinstalar windows. No es necesario formatear, pero es muy recomendable. Si no se te va a quedar mucha "mierda" de la instalación anterior y te va a ir más lento.
EDIT: Aunque sea de perogrullo, comprueba lo 1º de todo que efectivamente hiciste "save & exit" de la bios después de decirle que botase del CD.