Problema instalacion de HD

Tengo una duda que me corroe.............:D:D
EL caso es el siguiente: tengo un HD de 80 gigas, con las particiones hechas, pero segun el manual ahora tengo que ponerselo a la X para formatear las particiones via FTP con el flashftp....el caso es ese, no consigo hacer funcionar el evox desde cdrw, lo ago todo bien (creo) pero no me sale.
Mi duda es: puedo formatear el HD desde el mismo pc sin meterlo en la X y meterle directamente lo que tengo en la unidad C del HD original que ya tiene el evox y poder arrancarlo desde ahi????
Si alguien puede ayudarme lo agradeceria mucho, gracias!!!