Pues muy raro que archivos Zip/RAr no se corrompan y los videos si, deberias intentar usar varias zonas del Pendrive, por si es una zona en concreto la que esta mal, aparte, para comprobar mejor los archivos, antes que meter un zip/rar y descomprimirlo, ya que pueden tener un poco de tolerancia, te aconsejo que le hagas un hash a los archivos que sea fiable, osea grande, a ver is el hash les cambia al copiarlos.
Aparte, prueba a copiar vídeos con el pendrive en otro PC, aunque posiblemente el propio pendrive este mal...