Hola.
Ese problema no parece provocado por la BIOS de la NeoGeo. Por lo que he podido ver ese archivo interno pertenece a la ROM del Metal Slug 3. He estado mirando y parece tanto Kawaks 1.55 y MAME 0.106u1 (Datfile que tenia más a mano) usan la misma ROM por lo que únicamente necesitas conseguir la ROM del Metal Slug 3 valida para MAME 0.106 y si todo es correcto y tienes la BIOS de NeoGeo junto a las ROMs ya podrás correr normalmente dicha ROM. (En esa captura tuya se ve que la versión de Kawaks es la 1.56, pero no creo que la ROM haya cambiado entre las versiones 1.55 a 1.56)
La ROM que ahora posees posiblemente sea para alguna versión de NeoRageX o quizá sea de una versión anterior de MAME siendo incompatible en Kawaks y versiones modernas de MAME. Si quieres probar a bajar un NeoRageX creo que habrá posibilidades de que puedas correr la ROM que posees en el.
Un saludo.