Has comprobado si se reporta algun fallo mediante el SMART? osea bajate un programa como el CrystalDiskInfo a ver si te marca algo mal.
Has realizado un test de velocidad? con el HDTune por ejemplo, puedes hacerle un test a ver como va la velocidad.
Prueba tambien a poner las configuraciones de energía en todo desactivado o energía máxima, a ver si es por culpa de alguna característica de ahorro de energía, algo asi como que este cambiando de velocidad mucho o que aparque el cabezal en nada, no se....
Sabes si tu HDD es de los que usan sectores de 4KB? si es asi, asegurate de que esta alineado, pregunta a google como hacerlo... aunque si lo has formateado usando un programa bien actualizado o el mismo DVD de w7, debe estar bien.