Cuando vayas a la agenda dale a Menú y "Mostrar contactos" o algo del estilo. Tendrá seleccionados los contactos de alguna aplicación sin contactos. Le das que muestre todos y listo. La putada es que ahora vas a tener montones de contactos duplicados.
He visto este problema en unos cuantos Xperia, que se cambia "automágicamente".