Si has formateado el disco donde estaba toda la informacion de arranque tiene solucion complicadilla.
Hay varias formas de arreglarlo, depende de la configuracion y el sistema.
La mas sencilla, es editando manualmente el boot.ini (oculto y de sistema) de el HD desde donde arranca y añadirle manualemnte el puntero a la particion del otro sistema operativo.Voy a ver si encuentro la linea en cuestion con la explicacion.
Hay veces que va, y otras que no...
Hace tiempo me surgio algo parecido, y pude arreglarlo con una "trampa":
- Quita el otro disco con el sistema operativo (el que no te reconoce)
- Instala un HD mas o menos parecido a lque has quitado, lo configuras en el mismo puerto, y de la misma forma (master/esclavo)
-Haces una reinstalacion basica del sistema en ese disco, para que regenere el arranque
-Cambias el disco por el que tenias.
Las dos formas funcionan, a mi si no me iba una, me iba la otra.