Problema configurando botones en recalbox 7.2.2

Hola a todos.
Estoy teniendo verdaderos problemas para guardar la confiruración de los botones en distintos emuladores, por ejemplo NES, Sega Mastersystem y PC Engine... basicamente en los que utilizan dos botones para jugar.
Utilizo un pad de XBOX 360 en recalbox 7.2.2 y el caso es que no me gusta la disposición de los botones para los emuladores que he mencionado.
Para mapear de nuevo los botones y dejarlos a mi gusto entro en un juego de emulador que deseo cambiar y hago lo siguiente:

Accedo a Retroarch pulsando Hotkey+(A verde)
+Ajustes/Entrada/Controles del puerto 1
Remapeo los botones a mi gusto:
En el Boton (A verde) de XBOX360 pongo el (A) del emulador.
En el boton (X azul) de XBOX360 pongo el (B) del emulador.
En el Boton (B rojo) de XBOX360 pongo el (3) del emulador.
En el Boton (Y amarillo) de XBOX360 pongo el (4) del emulador.
Una vez que he seleccionado los botones:

Menú principal/Archivo de configuración/Guardar configuración nueva
Se crea un archivo CoreNES.cfg (por ejemplo)
Entro en Recalbox Manager en el navegador del PC
Voy al apartado recalbox.cfg y escribo la linea cuoreNES.configfile=/recalbox/share/system/.config/retroarch/config/CoreNES.cfg
Guardar
Reinicio la Raspberry y todo perfecto, los botones a mi gusto... bueno, realmente todo no está a mi gusto, porque ahora para acceder a Retroarch desde estos emuladores, que quiero cambiar, la combinación no es Hotkey+(A verde) ha pasado a ser Hotkey+(X azul) y cuando navego por Retroarch, seleccionar ha pasado a ser el boton (X azul) de la XBOX360 y el de retroceder el boton (A verde) de XBOX360. En el fondo una chorrada, pero que me ha llevado a intentar alguna otra forma de mapear los botones o el mando, por ejemplo:

Menú principal/Menu rápido/Controles/Puerto de control 1
Cambio los botones del pad del emulador a mi gusto
En teoría debería guardarme los botones y no interferir en el uso de retroarch, tan solo del emulador, pero no soy capaz de hacerlo bien. Y cuando he Guardado reasignación para el nucleo no recuerdo si me guarda la configiración de los botones o no y, sobre todo, cuando entro al emulador en cuestión, me sale un mensaje en la esquina inferior izquierda de la TV que dice "Cargando archivo de reasignación para el nuecleo o para el emulador" y se que es una chorrada, pero me gustaría que no saliera. Tal vez entrando en Menú principal/Menu rápido/Controles/Puerto de control 1 y cambiando el tipo el tipo de pad original del emulador por otro y mapeando los botones...

En resumen ¿puedo asignar los botones que quiera para jugar sin que afecte al manejo de retroarch y sin que salgan mensajes al iniciar el emulador?

En el emulador de MAME es sencillísimo, espero haberme explicado y que me ayudéis con esto.
Que Core usas para NES? nestopia y mesen tienen la opcion de rotar los botones en sentido de las manesillas y con " acceder a Retroarch" te refieres a entrar al menu que se entra con la tecla F1 en el teclado? Porque no lo agregas al boton guia? Recalbox usa linux asi que el boton esta soportado en el driver del kernel.

Y puedes configurar las notificaciones en Settings>On-Screen Display>On-Screen Notifications>Notification Visibility (lo siento uso retroarch en ingles asi que no me se los nombres en español)

Imagen
Lo de ocultar los mensajes me queda claro, mil gracias. Lo que no tengo tan claro es el tema de los botones. Me gustaría efectivamente cambiar la posición de (A) y (B) para jugar, pero no en la interfaz del Retroarch que incluye Recalbox 7.2.2.
Definitivamente lo ideal es seleccionar los botones en Menú principal/Menu rápido/Controles/Puerto de control 1.
Cambio los botones del pad del emulador a mi gusto y me guarda los botones sin interferir en el uso de retroarch, tan solo del emulador. Luego guardado reasignación para el núcleo, pero... Cuando apago la rapsberry y la vuelvo a encender se ha perdido la configuración... ¿Cómo hago para que se guarde? Solo se me ocurre ir a Menú principal/Archivo de configuración/Guardar configuración nueva
y que se creé un archivo CoreNES.cfg (por ejemplo), entrar en Recalbox Manager en el navegador del PC e ir al apartado recalbox.cfg donde escribo la linea nes.configfile=/recalbox/share/system/.config/retroarch/config/CoreNES.cfg

No se si debo hacerlo así o hay otra forma más sencilla.
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