¿Problema? con Virtual Dub Mod (arreglado)

¡Buenas! Pues resulta que tengo unos archivos de vídeo (en MKV) de los cuales quiero editar las pistas de subtítulos que llevan, es decir, quitar unas y poner otras. El Virtual Dub Mod me abre el archivo, pero me dice que hay tropocientos errores en un montón de frames (A frame of stream 1 (xxxxxxx ms) had only a forward reference (maybe broken file)), pero aún así puedo ver las pistas de audio y subtítulos del archivo. De todas maneras, al intentar grabar con los cambios me dice que el archivo está corrupto y no hace nada. Decir que puedo reproducir el vídeo con total normalidad. ¿Alguna solución?

Gracias

EDIT: Otros mensajes que me salen son estos:

- Video frames seem to be weirdly ordered.

- Couldn't locate decompressor for format 'ÿÿÿÿ' (unknown).
VirtualDub requires a Video for Windows (VFW) compatible codec to decompress video. DirectShow codecs, such as those used by Windows Media Player, are not suitable. Only 'Direct stream copy' is available for this video. (He instalado unos codecs que he encontrado por ahí pero sigue sin funcionar...)