La velocidad del ventilador no tiene nada que ver, la velocidad va subiendo conforme mas temperatura tenga, yo tengo una 8600 tambien y solo se pone a 100% cuando llega a los 100º...
Para saber seguro si el ventilador de la VGA es el que hace el ruido, lo mejor que puedes hacer es pararlo con el dedo cuando el pc esta encendido, si se deja de escuchar el ruido, es el ventilador..
Si quieres variar la velocidad del ventilador, lo puedes hacer por ejemplo con el RivaTurner.