Si no tienes mucho aprecio por los datos que contenga, puedes intentar repararlo con diskpart, desde el cmd lo puedes ejecutar, es bastante sencillo, pero muy peligroso, si te equivocas de unidad.
Tambien puedes probar a usar el programa gratuito mini tool partition wizard home edition, seleccionas la unidad del pendrive y despues eliminas la particion del pendrive, para crear otra nueva primaria.