En mi caso, me pasó algo parecido con un gamepad y la solución fué tan sencilla como 'personalizar' su configuración, es dificil que no lo hayas hecho, pero por si acaso funcionára, es así:
Vamos a "
MiPC >> Cambiar una configuración" >> Dispositivos de Juego",
Ya en el recuadro "
Dispositivos de juego", nos dirigimos a "
Agregar", seleccionamos "
Controlador para juegos de seis botones"- aquí, pulsamos en "Personalizar", y en "Características especiales", elegimos "Controlador para juegos", se le dá un nombre y pulsamos "Aceptar".
Hay adaptadores puerto serie/USB, puede ser la solución definitiva
http://www.amazon.es/Max-Value-MV42420- ... B001GXR792 el problema es que por lo general, su precio es algo elevado, y apenas compensa, salvo que nos interese mucho usar un gamepad concreto, en lugar de invertir ese dinero en comprar uno distinto USB.
Hace años un amigo me comentó que habia 'parches' para los gamepads con conector de puerto Midi/serie que por lgún motivo no se podian controlar bien, (en Win98), no encuentro nada de eso pero a lo mejor alguien si lo conoce

Si, como comenta Zarcelo, es el cable el que falla, no es tan dificil reemplazarlo, por ejemplo cambiándolo por uno USB
http://www.youtube.com/watch?v=ZUi7BOmkaUM En este momento tengo ese problema con mi Gamepad (un Thrust del año la polka), hay que darle muchas vueltas al cable para que respondan los botones.
Saludos