Baja la ultima version del MKVToolNix y del VLC
Abre el MKVMERGE [mmg.exe], arrastra el archivo que requieres y revisa esto

Recuerda configura la Relacion de aspecto y los FPS, usa MediaInfo para averiguar esta informacion de tu video.
Despues para hacer el SPLIT o division revisa este tema donde explico como dividir y "vincular" los segmentos:
hilo_matroska-con-problemas_1638092