Primero, MKVToolNix es un paquete de aplicaciones para lo relacionado con el contenedor Matroska Video [MKV], asi como MS-Office o Star Office u OpenOffice/LibreOffice son paquetes ofimaticos.
Segundo, es irrelevante el quitar o dejar los subtitulos incrustados en el contenedor matroska para reproducir el video en aparatos con soporte a este contenedor. Asi que trabajas de mas.
Tercero, con MKVMERGE es el programa con el que creas un nuevo archivo MKV al que le agregas o quitas los subtitulos o audio del archivo MKV original, solo marcas o desmarcas los componetes o Streams.
Cuarto, el firmware del aparato reproductor debe ser actualizado para que reconozca los archivos MKV creados con la ultima version del multiplexor MKVMERGE, sino lo haces el splitter integrado en el firmware es incapaz de separar correctamente el contenido del archivo MKV con lo que no separa el audio para enviarlo al sistema de audio, ni el video para emviarlo al sistema de decodificacion ni el subtitulo incrustado para enviarlo al sistema de raster/render.
Ejemplo, ekl reproductor multimedia WDTV/WDTV Live con el firmware de fabrica y el ultimo que salio a finales del 2010 no puede reproducir archivos MKV creados con el MKVMERGE 4.3 en adelante, y es que hasta apenas hace unos 4 meses de este 2011 sacaron la nueva version del firmware el cual ya trae la version mas reciente del splitter matroska el cual si puede reconocer bien en donde esta cada componente de audio, video y subtitulos.
hilo_wd-hd-media-player-y-grabadora-blu-ray-externa_1521605Esto porque la organizacion matroska constantemente este mejorando el contenedor Matroska-Video agregando cambios para las nuevas tecnologias y formatos de video que estan saliendo, por ello cambia la froam en que el multiplexor MKVMERGE introduce los componentes STREAM de audio, video y subtitulos al archivo MKV y si usas un spliter anticuado este no hara su trabajo de manera correcta, con lo que debes actualizar el spliter para que sea compatible. Es por ello que constamente los reproductores pro software se van actualizando para ir agregando las versiones nuevas del spliter, en aparatos reproductores multimedia los cambios son mucho mas lentos pero se dan y hay que estas pendientes de ello.
Asi que en conclusion para resolver tu problema:
* O actualizas el firmware del reproductor que usas,
* O bajas la version 4.0 o 3.x del paquete MKVToolNix para que remultiplexes con el MKVMERGE 4.0/3.x esos archivos MKV y ahora si el reproductor o mejor dicho el Splitter matroska que tenga ese reproductor pueda reconocer correctamente cada componente/stream.
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