Creo que te estas equivocando en algo.
Cuando cargas un mkv, te tiene que salir lo que contiene, es decir un mkv que por ejemplo tenga 2 audios, 1 video y 2 subs, te saldra esto mas o menos:
V_MPEG4/ISO/AVC (ID 1, type: video) from... <--- video
A_AC3 (ID 2, type: audio) from... <--- audio
A_AC3 (ID 3, type: audio) from... <--- audio
S_TEXT/ASS (ID 4, type: subtitles) from... <--- subs
S_TEXT/ASS (ID 5, type: subtitles) from... <--- subs
Solo tienes que desactivar los audios y subs que no quieras, para saber cuales son o miras en tracks opcions (si lo han puesto los que crearon el mkv) o directamente reproduces el video y miras cuales son los tracks a quitar.
En la captura que pones, solo tienes un audio y un video y has desactivado el video con lo cual solo te grabara el audio
Saludos