Humm creo q ya se porque es , me lo estaba figurando , lo del NTDLR te sale cuando se pierde la configuracion del arranque , es decir , cuando el sistmea entra en la bios y busca el sistema operativo hace una serie de rutas , si no encuentra el NTDLR te dara ese mensaje de error , eso ha sido seguramente por los cambios en las particiones q has hecho , lo de cambiar las letras
intenta una cosa , bueno quita el linux xD , y pon el disco duro de 160Gb , pero no cambies el IDE ni nada de su sitio , aunque deberias poner cada disco duro como maestro en cada IDE , bueno al tema , arrancas el sistema y cuando este en la bios pulsas F8 para entrar en modo seguro , y seleccionas la opcion de arriba del todo modo seguro o a prueba de fallos , una vez en "windows" sigues estos pasos:
pinchas en inicio , y alli en
ejecutar , y en ejecutar escribes
msconfig te saldra una ventana , pues en la ventana pinchas en
boot.ini entonces veras q abajo te saldran los dos sistemas operativos q tienes , prueba a cambiar el q este seleccionado por el otro , lo das a aplicar y reinicias , aqui te dejo una foto de como yo lo tengo por si te sirve , yo solo tengo una instalacion asi q solo me sale una
seleccionando una de las dos le daras la ruta de nuevo a ese SO , solo tienes q acertar en darle al de 160Gb
prueba a ver q pasa
saludos