Si, ese es el problema, desde el cable HDMI y el VGA no te deja cambiar la opcion de 60Hz. Para poder poner la consola en este modo, coges el cable normal tal como te ha dicho el compañero, conectas el amarillo (que es la señal de video) unicamente. Ahora enciendes la consola y en el menú sistema->configuracion consola->pantalla te aparecerá para cambiar lo de los 50Hz. Ponlo a 60Hz, apaga la consola, pones ya tu HDMI normal y listo, ya podrás jugar sin problemas.
Esto solo lo tendrás que hacer la primera vez, luego ya se guarda para siempre el valor de los 60Hz.
Saludos!