Con esta imagen te haces una idea

Busca ese conector en la placa, En cada uno de estos conectores se pueden poner 2 usbs, uno arriba(pines 2 4 6 8) y otro abajo (pines 1 3 5 7), el pin numero 10.
Coge los cuatro cables del lector, tienen que tener unos simbolos escritos en el plastico negro, o pones los cuatro seguidos arriba, o los cuatro seguidos abajo.
El orden de colocacion de izquierda a derecha es, power 5v, usb dx-, usb dx+, GND
En vez de usb dx-, y usb dx+, puede poner simplemente - y + en el cable del lector.