no hay problema, sigue instalando windows que no pasa nada.
el problema que cambiar una placa basa es un cambio de hardware bastante gordo como para que windows te reconozca ese cambio asi como asi.!!
yo lo que hago es una reinstalacion, y el sistema se queda casi como estaba, por lo que puedes salvar las cosas que te hagan falta y luego vuelves a formatear y saneas el sistema para que funcione mejor con tu nueva placa.
ami incluso cuando cambiaba las memorias de diferente chipset controlador, se me colgaba windows!!
saludos.!!