Si tienes un Windows y ese HD estaba infectado con virus que no lo dejas claro, acabas de joder el tuyo.
Sobre salvar tus datos normalmente la carpeta escritorio tiene que estar en la carpeta del usuario o en la del administrador en Document and Settings, la ruta como la pones no existe, y si es un windows vista o 7 además probablemente ni se llame escritorio sino Desktop.
Los programas, por mucho que copies probablemente no funcionen ya que necesitaran ser instalados con su instalador original (pueden necesitar librerías y configuraciones varias para funcionar, ademas se crear los accesos en los menús y demás historias), y además si tenia virus lo ultimo que tenia que pasarte por la mente eran copiar programas que estarán infectados.
Y la próxima vez, por dios, si tienes la sospecha de que tiene virus o algo, que como digo no lo dejas claro, copia los datos desde un Linux, aunque sea uno arrancable desde CD, no te arriesgues a infectar otro Windows al ponerle el HD sospechoso de unidad secundaria.