Buenas!
A mí eso que comentas me pasaba cuando veía videos incompletos. Vamos, típico caso de un video que no has terminado de descargar, estás deseoso de irlo viendo y antes de que la descarga complete totalmente lo ves. A mí me ocurría que en cuanto pasaba por una de las partes no descargadas y continuaba con otra ya descargada, el sonido se me desfasaba.
Con Totem-xine, que lo instalé también por los videos "windows-like", no he tenido problema.
Salu2!