Las 990FX UD3 llevan un jumper que esta por la zona de la pila que esta serigrafiado con "CLR CMOS".
Mi 620 me toco desmontarla por que tenia fugas y me subía la temperatura exageradamente, de todas maneras por lo que comentas no me extrañaría nada que la placa estuviera dañada, mas que nada por que si la dejas un rato sin la pila o si el PC no enciende al final la BIOS dual deberia pasar al frente restableciendo los valores de fabrica.
De todas maneras si es una 990FXA UD3 Rev.3 considera cambiarla por que daban muchisimos problemas, la Rev.4 esta bastante aceptable, la Rev 1.0, 1.1 y la 2.0 tienen problema de temperatura en los VRM y tienes que cambiar el disipador o hacer un mod que comente, hace poco ha caido en mis manos una 990XA UD3 y peca de los mismos problemas.
Aun con todo esto, para 4ghz aun con un procesador malo, deberias estar entre 1.30 y 1.35 como mucho, si te salio bueno podrías incluso bajar de 1.30.