Eso es solo el orden en el que estan en la controladora SATA, osea el orden físico.
Eso no deberia importar para el arranque del sistema operativo.
La tabla MBR o GPT la tienen que tener todos los discos, ya que ademas de servir para instalar el gestor de arranque, define la estructura de las particiones del disco, osea, un disco duro sin MBR, GPT o cualquier otro sistema de tablas, no puede participarse y usarse.