Por si las moscas que no sea que no lo detecte bien windows mira en la bios que no este puesto en AHCI. Cambia el modo a modo normal o IDE y a ver si te lo detecta bien asi; sino también puedes probar de apretar F6 cuando empieza la instalacion de window y meterle los drivers de la controladora a ver si asi te lo detecta bien.
Salu2.