+1 a Anubi, cámbialo de cable: intercambia los cables entre los discos, el del disco con el SO sabes que funciona, el otro no está claro, si al intercambiar cables arranca el sistema, es que NO es problema de cables. Tras eso, cambia de socket el segundo disco, mira cuáles son los de RAID en tu equipo y evita ponerlo en esos, normalmente son de otro color o están separados u orientados de otra manera.
Si todo eso falla, entra en BIOS a ver si ahí reconoce el disco (en Storage Information o algo parecido). Si no lo reconoce... hora de sacarlo, averiguar qué modelo es e intentar revivirlo.