QUIETO PARAO!!!!!
No hace falta formatear la partición para pasarla a NTFS.
Abre la línea de comandos y utiliza el comando convert para convertirla sin perder su contenido.
Por ejemplo, si la partición que quieres convertir es la C: en la línea de comandos tendrias que teclear:
convert c: /fs:ntfs
Una vez lo ejecutes, lo mismo te dice que tienes que reiniciar (no me acuerdo).