[PROBLEMA] Avidemux y MKV en Ubuntu, tirones

Pues estoy intentando pasar una peli MKV (720p, 25FPS, AC3 5.1) con Avidemux (GTK+) a contenedor MP4, para el video hago copia directa, para el sonido recodifico a AAC y aparentemente el proceso va bien.

Una vez veo el resultado el sonido cuadra con el video, pero a veces el video da como unos tirones para adelante y atras, lo curioso es que el audio no se desfasa, es decir, al acabar estos tironcillos (que se repiten cada 3 segundos mas o menos) el audio sigue estando cuadrado.

¿Alguien me sabria decir que esta pasando? Gracias anticipadas.
prueba desmultiplexando el mkv origen con el mkvextract, el audio lo recodificas con FAAC (o compresor AAC de tu gusto) y luego montas todo con el MP4Box (Gpac)
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