Yo tuve problemas con la integrada en una asrock. Creo que fue a raíz de conectar algún usb.
No me estuve mucho mirando ni e bios ni nada. Me pillé una asus xonar dg y desde entonces estoy encantado. Cada PC que me monto le pongo tarjeta de audio dedicada.
Dicho esto prueba a ver otras salidas o el software de realtek a ver si enredando se arregla.