Un inciso... MKV no es un formato de video, es un contenedor donde se puede meter video en casi cualquier formato, audio (varias pistas) en otro formato, subtítulos...
Quizás lo primero a hacer, es identificar el codec de video que usan esos archivos en concreto, y a partir de ahi ya hablamos.
Por cierto, intenta con el Videolan Player, que da muy buenos resultados con esos archivos