El Win98 S.E. (Segunda Edicion) es POSTERIOR a la v Win98 a secas.
Lo q puedes hacer es borrar los archivos de Windows desde MS-DOS.
Reinicias con F8 (o con un diskette de arranque de Win98SE) y eliges Simbolo de sistema.
Cuando estes en C:\ tecleas "del *.*" (sin comillas) y acepatas para borrar todo. No borraras carpetas, solo archivos, normalmente cosas de Windows.
Despues bajas al subdirectorio de windows(C:\WINDOWS\) y repites el proceso y te machacas todo windows.
Reinicias con el diskette de arranque y comienzas la instalacion de w98 SE.
Espero q te sirva. Recuerda q es posible q pierdas drivers y algunos programas q tengas registrados. Es recomendable q tengas backups o copias de todo.
Saludos!