Si son particiones GPT en si cualquier version de windos x64 puede manejarlas. Como sea, desde GNU/Linux revisa que tipo de particion y que sistema de archivos tienes en el segundo disco, es mas, sino tienes nada en ese disco dale un formato a bajo nivel [zero fill] para dejarlo como venia de fabrica [vacio, sin particiones ni sistema de archivos], o simplemente borra tablas de particion.
Esta parte no entendi a que te refieres: 'quiero meter windows como principal en vez de como de sistema'.
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