Como ha comentado con anterioridad Totemon si hace mucho que no defragmentas y tienes muchos archivos pues si es normal.
Respecto al programa que uses no te va a solucionar gran cosa.
Lo mejor que puedes hacer es borrar cosas que no uses y pasar otras a dvd para aligerar un poco el disco duro y hacer la desfragmentación más rápida.
Lo mejor para evitar esto es que particiones el disco, yo te recomiendo una para programas, otra para juegos y una última para datos (si quieres más eso es cosa tuya, y el tamaño en función de lo que suelas usar para cada cosa).