Eso que quieres instalar es un programa basado en MS-DOS?
En todo caso, que contiene tu C:\WINDOWS\SYSTEM32\AUTOEXEC.NT si es que lo tienes?
Es normal tenerlo, con un monton de lineas de comentarios que comienzan por REM y unas pocas que son comandos realmente.
Si no es un programa de MS-DOS lo que intentas ejecutar, suena a virus o quiza corrupcion del registro de windows por otros motivos.
Saludos!
P.D.- Te pasa esto con algo mas?