Lo primero intenta averiguar que está provocando ese uso de disco (en el administrador de tareas, ordena por uso de disco). Si hay, por ejemplo, una desfragmentación en segundo plano, que eso ocurra es totalmente normal. También podría ser por algún programa escribiendo logs a lo loco. O malware.
Si no ves ninguna aplicación que tenga un uso de disco anormalmente alto, y el disco sigue así sin tú hacer nada, tiene pinta de que ese disco está a punto de decir basta. Echale un vistazo con el crystaldiskinfo, a ver si hay algo que pinta mal.
Saludos