Obb to SD lo que hace es que los datos de esas aplicaciones, osea juegos en vez de descargarse en la memoria interna lo hace en la SD ya que lo que hace es modificar un comando de ruta de Framework en general.
Pero son solo los datos, las aplicaciones de juego seguirán instalándose en la memoria interna, solo lo que se transfiere serán los archivos de la aplicación, si es que el juego viene con ellos.
Pero resolviendo tu duda no pasa nada si actualizas, pero si lo que deseas es mover aplicaciones a la memoria SD te aconsejaría que uses Link2SD que permite hacerlo mediante el participando de la tarjeta SD o por medio del App2 SD nativo.
Saludos, yo uso XinternalSD que es el proyecto original en el que se baso Obb to SD.