Es muy facil, necesitas el virtual dub, y el filtro para subtítulos Subtitler, una vez arrancado el virtualdub, abres el video, le aplicas el filtro (ctrl+f), añades el filtro de los subtitulos, creo que ese llama avery lee o algo asi, selecionas el archivo ande esta el srt le das a aceptar a todo y guardas el video, puedes recomprimirlo si quieres o meter direct stream copy.