¿Seguro que te refieres a placas miniATX y no a microATX? Las primeras son bastante raras hoy en día y es más fácil encontrar miniITX o cosas así, si te refieres a las microATX, básicamente todas las cajas compatibles con ATX también lo son con las microATX, pues hay compatibilidad en medidas para el atornillado de la placa.
Sobre si se coloca algo entre chasis y placa, depende.
Las cajas ya vienen con los componentes que necesiten, lo normal es que vengan con unos separadores metálicos que se atornillan primero al chasis antes de poner la placa encima, conviene mirar qué lugares de atornillado tiene la placa para poner la cantidad de separadores justas, aunque no pasa nada por poner todos. La placa se atornilla con tornillos ya "normales" a estos separadores.
Hay cajas que tienen en el chasis ya integrados "lomas" donde se puede atornillar la placa directamente, hoy en día no veo tantas así, pero es posible que se vea sobre todo en cajas de gama baja, las de gama media y alta es muy raro que no usen los más seguros separadores.
Todo esto se hace para evitar posibles cortocircuitos de componentes de la placa base contra el metal del chasis.