Hola buenos días, gracias por vuestro interés.
Os cuento como está el tema.
En Windows 10 he probado tambien ha instalarlo quitando fisicamente el disco sata de 1 TB y una vez instalado el sistema operativo instale otra vez el disco y ocurre lo mismo.
Decir que en Windows 10 SIEMPRE detecta el SSD como ide 1 y el Sata como IDE 0
Otra cosa a destacar. Cuando reinicio y no aparece el disco, me meto en el admin de discos y simplemente le doy botón derecho cambiar letra y ya me aparece... Si meto datos en la partición y reinicio, vuelve a desaparecer el disco. Le vuelvo a cambiar la letra y vuelve aparecer el disco con sus respectivos datos....
Mas pruebas importantes, he probado con Windows 7. Ojo aquí si me detecta el SSD como disco 0 y el sata como disco 1, pero pasa exactamente lo mismo....
Respecto a la BIOS, he entrado en la parta de SATA Mode Selection y no se puede cambiar el AHCI.
Os adjunto una foto:

Estoy flipando.....
Edito que se me olvido contestarte:
Así estan conectados los discos. Como ves el disco SSD es M2 y el disco Sata va en su lugar. No uso adpatadores de cd, etc