Normalmente el puerto esata no es mas que un sata normal "robado" de los conectores de la placa. En el manual suele venir especificado cual es y no se pueden usar los dos a la vez.
Salvo que tengas alguna caja esata de disco duro externo y quieras aprovechar la velocidad extra (no mucha) respecto al usb2, yo no me preocuparia por usarlo, es mas, puede ser un engorro si tu placa, driver u opciones en la bios no permiten que enchufes y desenchufes el disco externo con el ordenador encendido (hotswap).