con las graficas acutales, no vas a notar diferencia de rendimiento.
Yo me he comprado un PC hace una semana, con una placa gygabyte ep35c-ds3r, con PCIe x16 1.1 y con una ATI 4850 estoy rulando Crysis en High perfectamente (a 1280x1024) y el Age of Conan con TODO al maxima y FSAAx4 a mas de 50FPS incluso en Tortage, fuera se sube mucho mas, aunque no se nota diferencia.
Eso si, no sabemos lo que deparará el futuro, y tal vez PCIe 2.0 realmente supongo una mejora o incluso una necesidad en los proximos años. Si quieres asegurar, gastate mas pasta en una placa con 2.0, si quieres tener la mejor relacion precio-rendimiento, vete a una P35, y cuando en 2 años sea necesario (si lo es) PCIe 2.0, una placa compatible estará mucho mas barata que ahora (y con otras cosas, cmo DDR3).
Otra cosa: ¿Piensas montar un CF/SLI?